I. GRUP Araştırma Konuları

Çeşitli biyolojik aktif sekonder metabolitlerin üretiminden sorumlu bitkisel sekonder metabolizmaya ait genlerin yapı ve işlevlerinin anlaşılmasına yönelik genomik analizler yapılmaktadır. Tıbbi kullanım açısından önemli bir çok sekonder metabolitin üretildiği fenilpropanoid metabolik yoluna ait anahtar enzim genlerinin genomik analizleri ile Türkiye endemiği bitkiler için hem biyosentez yolu aydınlatılması hem de bu metabolitlerin biyoteknolojik üretimleri için metabolizma mühendisliği alanında öncü çalışmalar gerçekleştirilmektedir.

Grubun, temel olarak ilaç ve kozmetik sektöründe kullanılan bitkilerin sektöre yönelik özelliklerini geliştirmek için yaptığı genomik çalışmalarla konu ile ilgili insan gücü yetiştirilmesi amaçlanmaktadır.

Ayrıca indüklenmiş pluripotent hayvansal hücrelerin kök hücrelere (ipsc) dönüşmesinde etkili olan metilasyon mekanizmalarının bitkisel sistemlerle karşılaştırmalı genomik analizi çalışmaları Koç Üniversitesi Tıp Fakültesi ile ortaklaşa yürütülmektedir.

Prof. Dr. Şule Arı yönetimindeki Bitki Genomik Araştırmaları Laboratuvarı aynı zamanda Prof. Dr. Nermin Gözükırmızı yönetimindeki Bitki Biyoteknolojisi Laboratuvarında model bitkilerle aktif olarak doku kültürü çalışmalarını da sürdürmektedir. Bu çalışmalar kapsamında aşırı toplama ve olumsuz çevre koşulları ile sayıları azalmakta olan ve özellikle tıbbi kullanımı olan maddelerin üreticisi olan Türkiye için endemik bitkilerin hücre, doku ve organlarının kültürlenmesi, sentetik tohum üretiminde kullanılan somatik embriyolarının in vitrokoşullarda üretimi yapılmaktadır.

Araştırma Grubu

Prof. Dr. Şule ARI

Araş. Gör. Dr. Neslihan TURGUT KARA

Araş. Gör. Özgür ÇAKIR

MSc. Deniz GÜRLE (Doktora öğrencisi)

MSc. Eyyüb İBRAHİMİ (Doktora öğrencisi)

İletişim

Prof. Dr. Şule ARI                   : 0212 455 57 00/15108,

sari@istanbul.edu.tr

Projeler-     

Astragalus chrysochlorus

‘da Selenosistein metiltransferaz Geninin Kantitatif Analizi (BAP-26494) Yürütücü Dr. Özgür Çakır, Yard. Araştırıcı Prof. Dr. Şule Arı, Yard. Araştırıcı Dr. Neslihan Turgut-Kara

-      Function alanalysis of transcription factors regulating flavonoid biosynthesis in the model plantArabidopsis thaliana , Bielefeld University, Chair of Genome Research Project, Project No: 32100203, Konuk Araştırıcı Dr. Neslihan Turgut-Kara

-  Astragalus chrysochlorus‘ta Fenilalanin amonyak-liyaz (PAL) ve Sinnamat 4-hidroksilaz (C4H) genlerine ilişkin genetik analizler (BAP-3640) Yürütücü Dr. Neslihan Turgut-Kara, Yard. Araştırıcı Prof. Dr. Şule Arı, Yard. Araştırıcı Dr. Özgür Çakır

-     Astragalus chyrsochlorus’da Selenyum Birikimine İlişkin Moleküler Çalışmalar (BAP-1509) Yürütücü Dr. Özgür Çakır

-     Astragalus chrysochlorus’da Selenosistein Metiltransferaz Geninin Moleküler Analizi (BAP-624/26042007) Yürütücü Prof. Dr. Şule Arı, Yard. Araştırıcı Dr. Neslihan Turgut-Kara, Yard. Araştırıcı Dr. Özgür Çakır

-     Astragalus chrysochlorus ’da Fenilpropanoid Metabolik Yoluna İlişkin Genomik Analizler (BAP-T-615-17032005) Yürütücü Dr. Neslihan Turgut-Kara

-      Kimyasal Kültürleme KoşullarınınAstragalus chrysochlorus Hücre Süspansiyon Kültürleri üzerindeki etkilerinin incelenmesi (T-107/11112002) Yürütücü Dr. Özgür Çakır

-    AstragalusTürlerinde Doku Kültürü Çalışmaları (BAP-T-947/06112000) Yürütücü Dr. Neslihan Turgut-Kara A Comparative Study on Callus Induction, Plant Regeneration and Chromosomal Variations from Different Explants of Barley (Hordeum vulgare).

-     NATO Scientific Affairs Division Science for Stability Programme. Biotechnology-Establishment and Promotion of New Biotechnological Techniques in Turkey. NATO-TU Biotechnology. Subproject 1.2 Grant no.842.

-    Salvia amplexicaulis ’in Doku Kültürü ve Doğal Materyallerinin Kimyasal İçeriklerinin Araştırılması. İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü Araştırma Fonu, 1094/010598.

-     Bazı Tıbbi Bitkilerin Biyolojik Aktivitelerinin ve Doku Kültürü Koşullarının Araştırılması” İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü Araştırma Fonu, 1339/280799.

II.GRUP

Araştırma Konuları

Arpa (Hordeum vulgare L.)’da  polimorfizm, doku kültürü, gen transferi tekniklerinin geliştirilmesi,Fusarium spp. ‘nin patojenik ve endofit ırklarında varyasyon analizleri yapılmaktadır.   Ek olarak, grup bir araştırma  projesi  kapsamında ülkemizdeki  elit  varyeteleri  ve  yabani  hatları (

Hordeum spontaneumL.) içeren germplazmda kuraklık ve tuzluluk stresine dayanıklılık seviyelerini belirlemektedir. Fizyolojik ve morfolojik testlerin yanı sıra, gen anlatımı ve allelik varyasyon (HRM) üzerinde çalışılmaktadır.

Araştırma Grubu

Doç. Dr. Filiz GÜREL

Araş. Gör. Cüneyt UÇARLI (Doktora öğrencisi)

Elif ÇEPNİ (Doktora öğrencisi)

Feyza TUFAN (Doktora öğrencisi)

Sevilay DİKME (Y. Lisans öğrencisi)

Süleyman ÇAPUTLU (Y. Lisans öğrencisi)

Nazareth POYRAZ (Y. Lisans öğrencisi)

Süheyla MUŞ  (Y. Lisans öğrencisi)

Dr. Qasim SHADİD (Doktora sonrası araştırmacı)

İletişim

Doç. Dr. Filiz GÜREL              : 0212 455 57 00/15472;

filiz@istanbul.edu.tr

Projeler

-      Monokotil bitkilerde transformasyon çalışmaları. TÜBİTAK-BAYG Proje No: TBAG-1404 2000-2001:

AgrobacteriumVirE2 proteininin bitkilerde nukleusa taşınması. İstanbul Üniversitesi Araştırma Fonu Projesi 1370/081299.

-      Transgenik arpa (Hordeum vulgareL.) üretimi amacıyla çeşitli hedef dokuların rejenerasyon etkinliğinin belirlenmesi. BAP 619/15122006.

-      Biyodizel endüstrisi atıksularının fiziksel, kimyasal ve biyolojik yöntemlerle arıtılabilirliğinin incelenmesi TÜBİTAK- ÇAYDAG Proje No: 108Y039 .

-      Arpa (Hordeum vulgareL.) transformant bitkilerinin moleküler analizi.  BAP 4104 (Acil İhtiyaç Projesi) .

-      Türkiye’de doğal olarak yetişen bazıStachys creticaalttürlerinin sekonder metabolitleri ile antibakteriyel ve anti QS aktiviteleri yönünden araştırılması. BAP 3784 .

-      Yerli arpa genotiplerinde abiyotik stres toleransıyla ilişkili genlerin klonlanması ve fonksiyonel analizleri. BAP 4712 .

-      A Comparative Study on Callus Induction, Plant Regeneration and Chromosomal Variations from Different Explants of Barley (Hordeum vulgare).

-      NATO Scientific Affairs Division Science for Stability Programme. Biotechnology-Establishment and Promotion of New Biotechnological Techniques in Turkey. NATO-TU Biotechnology. Subproject 1.2 Grant no.842.

-     Salvia amplexicaulis ’in Doku Kültürü ve Doğal Materyallerinin Kimyasal İçeriklerinin Araştırılması. İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü Araştırma Fonu, 1094/010598.

-      Bazı Tıbbi Bitkilerin Biyolojik Aktivitelerinin ve Doku Kültürü Koşullarının Araştırılması. İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü Araştırma Fonu, 1339/280799.

-       Yerli arpa genotiplerinde abiyotik stres toleransıyla ilişkili genlerin klonlanması ve fonksiyonel analizleri. İÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi BAP No. 4712. (2010-2013) Filiz Gürel (Yürütücü), Y. Doç. Dr. Semian Karaer, Emre Yörük, Cüneyt Uçarlı.

-     Endophytes in Biotechnology and Agriculture, FA COST Action FA1103 (European Cooperation in Science and Technology) Tübitak Proje No. 111O835 (2012-2015).

III.GRUP

Bitki doku kültürü ve bitki biyoteknolojisi alanında yurdumuzda yetiştirilen ve ticari öneme sahip arpa varyeteleri (Tokak 157/37, Bornova, Kaya vb) ile çalışmalar yapılmaktadır.

In vitroarpa bitkilerinin yetiştirilmesi, tuz ve kuraklık etkisinde bırakılan arpa bitkiciklerden protein izolasyonu ve antioksidan enzim aktivite tayini, stres toleransından sorumlu genler ve bu genlerin anlatım profillerinin belirlenmesi bu alanda gerçekleştirilen çalışmalar arasındadır. Çalışmalar Bölüm alt yapısında çeşitli laboratuvarlarda bulunan aşağıdaki cihazlar kullanılarak gerçekleştirilmektedir.

Araştırma Grubu

Doç. Dr. Gülruh ALBAYRAK

MSc. Özlem DİKEN (Doktora öğrencisi)

MSc. Emre YÖRÜK (Doktora öğrencisi)

İletişim

Doç Dr. Gülruh ALBAYRAK:    :  0212 455 57 00/15134;

gulruh@istanbul.edu.tr

Laboratuvar olanakları

Laboratuvarımızda temel genomik ve transkriptomik çalışmaları için gerekli altyapı olanakları bulunmaktadır.

-      Distile su cihazı

-      PCR cihazları

-      Çalkalamalı etüv

-      pH metre

-      Yatay ve dikey elektroforez sistemleri ve güç kaynağı

-      Dizileme elektroforezi

-      Hava akımlı steril kabin

-      Sıcaklık ve ışık kontrollü büyütme kabini

-      Masaüstü santrifüj

-      Soğutmalı santrifüj

-      Su banyosu

-      Gerçek zamanlı PCR cihazı

-      Yatay ve dikey jel sistemleri

-      Jel görüntüleme cihazı

-      Spektrofotometre

-      Çeker ocak

-      Ultrasonikatör

-      Diğer temel laboratuvar ekipmanları

Projeler-     

Albayrak G.

Tuz ve kuraklık stresi etkisindeki arpa (Hordeum vulgarel.) bitkisinde moleküler analizler, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi, Tez Projesi, Proje No: T-958/06102006,

Danışman(06/2006-06/2008)

-     Albayrak G.Tuz ve kuraklık stresi etkisindeki arpa (Hordeum vulgareL.) bitkisinde toleranstan sorumlu transkripsiyon faktörlerinin nicel analizi, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi, YADOP, Proje No: 6932/10022010,

Proje Yürütücüsü(02/2010-11/2011)-     Yörük E.Transgenik arpa (Hordeum vulgareL.) üretimi amacıyla çeşitli hedef dokuların rejenerasyon etkinliğinin belirlenmesi, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi, Normal Kapsamlı Proje, Proje No: 619/15122006,

Yardımcı Araştırmacı

(12/2006-04/2009)