Proteomik laboratuvarı, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nde 2010 yılında, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenen 4120 no.lu  proje kapsamında kurulmuş, TÜBİTAK projeleriyle desteklenmiş sofistike cihazları ve alt yapı yatırımlarıyla birçok bilimsel araştırma, lisansüstü eğitim ve tez çalışmalarında kullanılan bir analiz laboratuvarıdır.

Proteomik laboratuvarının kuruluş amacı, moleküler biyolojinin önemli bir kısmını oluşturan protein çalışmalarında uluslararası standartlarda sofistike cihazlar ve yeni yöntemler kullanarak, nitelikli ve kapsamlı bilimsel araştırmalar yapmak ve bu alanda söz sahibi olmak, ayrıca çok sayıda lisansüstü öğrenci yetiştirerek hem üniversitemize hem de ülkemize bu alanda çalışabilecek yetkin araştırmacılar kazandırmaktır.

Araştırma Konuları

Bu laboratuarda çeşitli biyolojik kaynaklardan (insan, hayvan, bitki ve mikroorganizma) elde edilen materyallerde proteom analizi yapılmaktadır. Stres proteinleri ve oksidatif protein hasarları proteomik tekniklerle belirlenmektedir. Çeşitli enzimlerin aktiviteleri ölçülmekte, polipeptidlerin elektroforetik ve kromatografik ayırımı gerçekleştirilmektedir.

Laboratuvar Olanakları

-      pH metre (Inolab)

-      Isıtıcılı Manyetik Karıştırıcı (Heidolph)

-      Terazi (Precisa)

-      Hassas Terazi (Adam)

-      İzoelektrik Odaklama Cihazı (Protean IEF Cell, Bio-Rad)

-      Soğutmalı Santrifüj (Sigma 3-30K)

-      Western Blot Sistemi (Semi-Dry Blotter, Bio-RAD)

-      Tüp karıştırıcı (Velp Scientifica)

-      Dikey Elektroforez Sistemleri (Bio-Rad, ATTO)

-      Ultrasonik Su Banyosu (Wise Clean)

-      Tube Roller (Vural Medikal)

-      Plate Shaker (Heidolph Unimax 1010)

-      Molecular Imager ChemiDoc XRS System 

(Bio-Rad)

-      Spektrofluorometre (Biotek FLX-800)

-      Jel Görüntüleme Sistemi (GS-800 Calibrated Densitometry, Bio-Rad)

-      Protein Saflaştırma Cihazı (Profinia, Bio-Rad)

-      Jel Kurutma Sistemi (Clever Scientific)

-      Otomatik Elektroforez Sistemi (Experion, Bio-Rad)

-      Derin dondurucu

-      Buzdolabı

-      HPLC (Schimadzu)

-      Qubit Spektrofluorometre (Invitrogen)

Araştırma Grubu

• Prof.Dr. Nazlı ARDA


• Doç. Dr. Ali KARAGÖZ


• Araş.Gör.Dr. Evren ÖNAY UÇAR


• Araş.Gör.Dr. Murat PEKMEZ


• Zelal Adıgüzel (Doktora öğrencisi)


• Ömer Kaçar (Doktora öğrencisi)


• Vildan Yıldız (Doktora öğrencisi)


• Farinaz Jafari Ghods (Doktora öğrencisi)


• Umut Büyük (Doktora öğrencisi)


• Zeynep Oktay (Doktora öğrencisi)


• Demirhan Çetereisi (Yüksek lisans öğrencisi)


• Şahin Taş (Yüksek lisans öğrencisi)


• Osman Ünal (Yüksek lisans öğrencisi)

İletişim

Prof. Dr. Nazlı ARDA                           : 0212 455 57 00/15212, 15113; 

narda@istanbul.edu.tr

Araş.Gör.Dr. Evren ÖNAY UÇAR       : 0212 455 57 00 / 15117; 

evrenonay@istanbul.edu.tr

Projeler

BAP Projeleri

“Hücre Kültürlerinde Oksidatif Stres Sonucu Oluşan Protein Karbonillerinin Fluorometrik ve Elektroforetik Analizi” (Proje No: 268/23082004, tamamlandı, Yürütücü: Prof. Dr. Nazlı ARDA)

“Hücre Kültüründe Oksidatif Stres Sonucu Oluşan DNA Hasarı/Onarımı Üzerine Viscum album  Ekstresinin Etkileri” (Proje No: 1462, tamamlandı, Yürütücü: Yard. Doç.Dr. Ali KARAGÖZ)

“İstanbul Park, Bahçe ve Korularındaki Bazı Ağaç Polenlerinin Alerjenitesinin ve İmmunohistokimyasal Özelliklerinin Araştırılması” (Proje No: 3063, Devam ediyor, Yürütücü: Prof.Dr. Suna Büyüköztürk)

“Oksidatif Protein Hasarlarının Belirlenmesinde ve Antioksidan Aktivite Tayininde Proteomik Yaklaşım” (Proje No: 4120, tamamlandı, Yürütücü: Prof. Dr. Nazlı ARDA)

“Sanicula europaea Ekstresinin Hücre Kültüründe Oksidatif Stres Sonucu Oluşan Hasarların Onarımı Üzerine Etkileri“ (Proje No: 22649, devam ediyor, Yürütücü: Dr. Evren ÖNAY UÇAR)

“Glukotoksisite, Lipotoksisite ve Glukolipotoksisite Durumlarında Pankreatik Kök Hücreler, Asinar Hücreler ve Pankreatik Kanal Hücrelerinin Beta Hücrelerine Farklılaşma Mekanizmalarının Araştırılması“ (Proje No: 25275, devam ediyor, Yürütücü: Prof.Dr.Şehnaz BOLKENT)

“Schizosaccharomyces pombe’de hücre içi fosforilasyonun gösterilmesi“ (Proje No: 20423, devam ediyor,  Yürütücü: Yard.Doç.Dr.Bedia Palabıyık)

TÜBİTAK Projeleri

“Süt Serumu Proteinlerinin ve Hidrolizatlarının Antioksidan, Antiviral ve Antimikrobiyal  Aktivitelerinin Belirlenmesi ve Yapısal Özelliklerinin Aydınlatılması” (Proje no: 104S507 (SBAG-2972), tamamlandı, Yürütücü: Prof.Dr.Süha YALÇIN)

“Aerobik Granül Çamur Yapısı ve Stabilitesinin İncelenmesi” (Proje No:107Y137, tamamlandı, Yürütücü: Yard.Doç.Dr Gülsüm YILMAZ)

“Türkiye’de Yetişen Bazı Endemik Cephalaria Türlerinin Kimyasal İçeriklerinin Belirlenmesi, Ekstrelerin ve Tanımlanacak Bileşiklerin Antioksidan ve Antimikrobiyal Aktivtelerinin Araştırılması” (Proje no: 107T028, 2006-2010, Yürütücü: Prof.Dr.Süheyla KIRMIZIGÜL)

“Sıçan C6 Glioma Hücrelerinde KoenzimQ10 ve Beta-Karoten Uygulamalarının HSP27 Anlatımı Üzerine Etkisinin İncelenmesi” (TÜBİTAK Öğrenci Projesi, tamamlandı)

“KoenzimQ10 ve Beta-Karoten Uygulanan C6 Sıçan Glioma Hücre Hattında HSP70 Isı Şoku Proteinin Proteomik Analizi ” (TÜBİTAK Öğrenci Projesi, tamamlandı)

Doktora Tez Projeleri

“Oksidatif Stres Uygulanmış Schizosaccharomyces pombe

’de Protein Oksidasyonuna Karşı Antioksidanların Koruyucu Etkisi”, İsmail HAMAD (tamamlandı)

“Viscum album Ekstresinin C6 Sıçan Glioma Hücrelerinde Stres Proteinlerinin Anlatımı Üzerine Etkisi”, Evren ÖNAY UÇAR (tamamlandı)

“Hücre Kültüründe Oksidatif Stres Sonucu Oluşan DNA Hasarları ve Zeytinyağının Koruyucu Etkisi”,  Özlem EROL (tamamlandı)

“Glioma Hücrelerinde İndometasinin Meydana Getirdiği Moleküler Hasarlar Üzerine E Vitamininin Etkileri”, Murat PEKMEZ (tamamlandı)

“İnsan Torasik Aortik Anevrizmalarında Oksidatif Stresle İlişkili Gen Anlatımlarının İncelenmesi”, Zelal ADIGÜZEL (devam ediyor)

Yüksek Lisans Tez Projeleri

“E Vitaminin Sıçan C6 Glioma Hücreleri Üzerindeki Apoptoz İndükleyici Etkisi”, Zeynep OKTAY (tamamlandı)

“Sarı Pas Enfeksiyonuna Direçli Buğday (Triticum aestivum L.)’da Proteomik Analizler”, Cihan İNAN (tamamlandı)

“İstanbul’daki Ak Dut (Morus alba L.) ve Mavi Atlas Sediri [Cedrus atlantica (Endl.) Carr. Cv. Glauca] Polenlerinin Allerjenik Proteinleri”, Demirhan ÇETEREİSİ, (devam ediyor)

“İstanbul’daki Akdeniz Servisi (Cupressus sempervirens  L.) ve Sabin Ardıcı (Juniperus sabina  L.) Polenlerinin Allerjenik Proteinleri”, Şahin Taş (devam ediyor)