Fen Fakültesi bünyesinde ilk kez 1992 tarihinde Prof. Dr. Avni Kuru tarafından temelleri atılan Hayvan Hücre Kültürü Laboratuvarı, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından 2007 yılında desteklenen bir araştırma projesi ile tümüyle yenilenerek Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nde faaliyetlerine başlamıştır. Uluslararası kurallara göre yeniden düzenlenen Hayvan Hücre Kültürü Laboratuvarı birçok tez çalışmasının ve araştırma projesinin yürütüldüğü modern bir laboratuvar olarak hizmete devam etmektedir. Hayvan Hücre Kültürü Laboratuvarı zengin hücre koleksiyonu, gelişmiş donanımı ve yetişmiş araştırmacılarıyla birçok birime destek olmuş, danışmanlık yapar hale gelmiştir.

 Araştırma Konuları

Başlıca araştırma konuları arasında çeşitli bitkisel ekstrelerin ve saf maddelerin sitotoksik etkilerinin incelenmesi, antioksidan ve antiviral aktiviteleri ile apoptotik etkilerinin değerlendirilmesi yer almaktadır. Hücre içi oksidatif stres ve hücresel moleküllerde (DNA, protein ve lipid) oksidatif stres sonucu oluşan hasarlar tespit edilmektedir. Biyolojik sistemlerde antioksidasyon ve detoksifikasyon mekanizmalarının aydınlatılmasına yönelik araştırmalar yürütülmektedir.

Laboratuvarın hücre koleksiyonunda HeLa, Vero, C6 glioma, NRK 52E, MDCK ve VHF93 hücreleri bulunmaktadır. Laboratuvarımızda hücre koleksiyonuna ek olarak virüs koleksiyonu da (İnfluenza ve Parainfluenza tip 2 virüsleri) yer almaktadır.

 Laboratuvar Olanakları

–      pH metre (Jenco)

–      Masaüstü Santrifüj (Nüve, NF-400)

–      Tüp karıştırıcı (Fisons)

–      Masaüstü Mini Otoklav (Nüve, OT-012)

–      Buzdolabı

–      Karbondioksitli İnkübatör (HeraCell 240 ve HeraCell 150i, Thermo Scientific)

–      Etüv (Nüve, FN-055)

–      Laminar Flow (Class II, Bilser)

–      Vakum Sistemi (Integra Vacusafe)

–      Mikroskop (Prior)

–      Invert Mikroskop (CK ve CK-31, Olympus)

Araştırma Grubu

• Prof.Dr. Nazlı ARDA
• Doç. Dr. Ali KARAGÖZ
• Araş.Gör.Dr. Evren ÖNAY UÇAR
• Araş.Gör.Dr. Murat PEKMEZ
• Recep DEMİRGAN (Doktora öğrencisi)
• Furkan BÖLÜKBAŞI (Yüksek lisans öğrencisi)
• Fulya Tuğba ARTUN (Yüksek lisans öğrencisi)
• Dilansu GÜNEYKAYA (Lisans öğrencisi)
• Kerem FİDAN (Lisans öğrencisi)

İletişim

Prof.Dr. Nazlı ARDA                               : 0212 455 57 00/15212, 15113; narda@istanbul.edu.tr

Doç. Dr. Ali KARAGÖZ                           : 0212 455 57 00/15116; sanicula@istanbul.edu.tr

Araş.Gör.Dr. Evren ÖNAY UÇAR            : 0212 455 57 00/15117, 15107; evrenonay@istanbul.edu.tr

Araş.Gör.Dr. Murat PEKMEZ                 : 0121 455 57 00/15468, 15107; muratpekmez@hotmail.com

Projeler

BAP Projeleri

“Halk Arasında Kullanılan Çeşitli Tıbbi Bitkilerin Antiviral ve Antitümoral Aktivitelerinin Değerlendirilmesi” (Proje No: 1603/30042001, tamamlandı, Yard. Doç.Dr. Ali KARAGÖZ)
• “Hücre Kültürlerinde Oksidatif Stres Sonucu Oluşan Protein Karbonillerinin Florometrik ve Elektroforetik Analizi” (Proje No: 268/23082004, tamamlandı, Prof. Dr. Nazlı ARDA )
• “Hücre Kültüründe Oksidatif Stres Sonucu Oluşan DNA Hasarı/Onarımı Üzerine Viscum album Ekstresinin Etkileri” (Proje No: 1462, tamamlandı, Yürütücü: Yard. Doç.Dr. Ali KARAGÖZ)
•  “Oksidatif Protein Hasarlarının Belirlenmesinde ve Antioksidan Aktivite Tayininde Proteomik Yaklaşım” (Proje No: 4120, devam ediyor, Yürütücü: Prof. Dr. Nazlı ARDA)
• “Sanicula europaea Ekstresinin Hücre Kültüründe Oksidatif Stres Sonucu Oluşan Hasarların  Onarımı Üzerine Etkileri“ (Proje No: 22649, devam ediyor, Yürütücü: Dr. Evren ÖNAY UÇAR)
• “Glukotoksisite, Lipotoksisite ve Glukolipotoksisite Durumlarında Pankreatik Kök Hücreler, Asinar Hücreler ve Pankreatik Kanal Hücrelerinin Beta Hücrelerine Farklılaşma Mekanizmalarının Araştırılması“ (Proje No: 25275, devam ediyor, Yürütücü: Prof.Dr.Şehnaz BOLKENT)
•   “Viscum album ekstrelerinin hücre kültürleri üzerindeki sitotoksik etkileri“ (Proje No: 27484, Devam ediyor, Yürütücü: Dr.Evren ÖNAY UÇAR)

TÜBİTAK Projeleri

“Süt Serumu Proteinlerinin ve Hidrolizatlarının Antioksidan, Antiviral ve Antimikrobiyal  Aktivitelerinin Belirlenmesi ve Yapısal Özelliklerinin Aydınlatılması” (Proje no: 104S507 (SBAG-2972), tamamlandı, Yürütücü: Prof.Dr.Süha YALÇIN)
•  “Türkiye’de Yetişen Bazı Endemik Cephalaria Türlerinin Kimyasal İçeriklerinin Belirlenmesi, Ekstrelerin ve Tanımlanacak Bileşiklerin Antioksidan ve Antimikrobiyal Aktivitelerinin Araştırılması” (Proje no: 107T028, 2006-2010, Yürütücü: Prof.Dr.Süheyla Kırmızıgül)
• “Sıçan C6 Glioma Hücrelerinde KoenzimQ10 ve Beta-Karoten Uygulamalarının HSP27 Anlatımı Üzerine Etkisinin İncelenmesi” (TÜBİTAK Öğrenci Projesi, tamamlandı)
• “KoenzimQ10 ve Beta-Karoten Uygulanan C6 Sıçan Glioma Hücre Hattında HSP70 Isı Şoku Proteinin Proteomik Analizi ” (TÜBİTAK Öğrenci Projesi, tamamlandı)

Doktora Tez Projeleri

“ Viscum album Ekstresinin C6 Sıçan Glioma Hücrelerinde Stres Proteinlerinin Anlatımı Üzerine Etkisi” (tamamlandı) (Evren ÖNAY UÇAR)
• “Hücre Kültüründe Oksidatif Stres Sonucu Oluşan DNA Hasarları ve Zeytinyağının  Koruyucu Etkisi” (tamamlandı) (Özlem EROL)
• “Glioma Hücrelerinde İndometasinin Meydana Getirdiği Moleküler Hasarlar Üzerine E Vitamininin Etkileri” (tamamlandı) (Murat PEKMEZ)
• “E Vitaminin Sıçan C6 Glioma Hücreleri Üzerindeki Apoptoz İndükleyici Etkisi” (tamamlandı) (Zeynep OKTAY)
• “Bazı Papaver Alkaloidlerinin Sitotoksik Aktivitelerinin Değerlendirilmesi” (tamamlandı) (Recep DEMİRGAN)
• “Hepatit B Virüsü ile İnfekte Hepatoselular Karsinoma Tanısı Konulmuş Hastalarda Belirteç Olarak mikroRNA’ların Değerlendirilmesi” (devam ediyor) (Recep DEMİRGAN)
• “Bazı Bitki Ekstrelerinin İn Vitro Antiviral Aktivitelerinin Değerlendirilmesi” (devam ediyor) (Furkan BÖLÜKBAŞI)
  

I. GRUP

Araştırma Konuları

Çeşitli biyolojik aktif sekonder metabolitlerin üretiminden sorumlu bitkisel sekonder metabolizmaya ait genlerin yapı ve işlevlerinin anlaşılmasına yönelik genomik analizler yapılmaktadır. Tıbbi kullanım açısından önemli bir çok sekonder metabolitin üretildiği fenilpropanoid metabolik yoluna ait anahtar enzim genlerinin genomik analizleri ile Türkiye endemiği bitkiler için hem biyosentez yolu aydınlatılması hem de bu metabolitlerin biyoteknolojik üretimleri için metabolizma mühendisliği alanında öncü çalışmalar gerçekleştirilmektedir.

Grubun, temel olarak ilaç ve kozmetik sektöründe kullanılan bitkilerin sektöre yönelik özelliklerini geliştirmek için yaptığı genomik çalışmalarla konu ile ilgili insan gücü yetiştirilmesi amaçlanmaktadır.

Ayrıca indüklenmiş pluripotent hayvansal hücrelerin kök hücrelere (ipsc) dönüşmesinde etkili olan metilasyon mekanizmalarının bitkisel sistemlerle karşılaştırmalı genomik analizi çalışmaları Koç Üniversitesi Tıp Fakültesi ile ortaklaşa yürütülmektedir.

Prof. Dr. Şule Arı yönetimindeki Bitki Genomik Araştırmaları Laboratuvarı aynı zamanda Prof. Dr. Nermin Gözükırmızı yönetimindeki Bitki Biyoteknolojisi Laboratuvarında model bitkilerle aktif olarak doku kültürü çalışmalarını da sürdürmektedir. Bu çalışmalar kapsamında aşırı toplama ve olumsuz çevre koşulları ile sayıları azalmakta olan ve özellikle tıbbi kullanımı olan maddelerin üreticisi olan Türkiye için endemik bitkilerin hücre, doku ve organlarının kültürlenmesi, sentetik tohum üretiminde kullanılan somatik embriyolarının in vitrokoşullarda üretimi yapılmaktadır.

Araştırma Grubu

Prof. Dr. Şule ARI

Araş. Gör. Dr. Neslihan TURGUT KARA

Araş. Gör. Özgür ÇAKIR

MSc. Deniz GÜRLE (Doktora öğrencisi)

MSc. Eyyüb İBRAHİMİ (Doktora öğrencisi)

İletişim

Prof. Dr. Şule ARI                   : 0212 455 57 00/15108, sari@istanbul.edu.tr

Projeler

–      Astragalus chrysochlorus‘da Selenosistein metiltransferaz Geninin Kantitatif Analizi (BAP-26494) Yürütücü Dr. Özgür Çakır, Yard. Araştırıcı Prof. Dr. Şule Arı, Yard. Araştırıcı Dr. Neslihan Turgut-Kara

–      Function alanalysis of transcription factors regulating flavonoid biosynthesis in the model plant Arabidopsis thaliana, Bielefeld University, Chair of Genome Research Project, Project No: 32100203, Konuk Araştırıcı Dr. Neslihan Turgut-Kara

–      Astragalus chrysochlorus‘ta Fenilalanin amonyak-liyaz (PAL) ve Sinnamat 4-hidroksilaz (C4H) genlerine ilişkin genetik analizler (BAP-3640) Yürütücü Dr. Neslihan Turgut-Kara, Yard. Araştırıcı Prof. Dr. Şule Arı, Yard. Araştırıcı Dr. Özgür Çakır

–      Astragalus chyrsochlorus’da Selenyum Birikimine İlişkin Moleküler Çalışmalar (BAP-1509) Yürütücü Dr. Özgür Çakır

–      Astragalus chrysochlorus’da Selenosistein Metiltransferaz Geninin Moleküler Analizi (BAP-624/26042007) Yürütücü Prof. Dr. Şule Arı, Yard. Araştırıcı Dr. Neslihan Turgut-Kara, Yard. Araştırıcı Dr. Özgür Çakır

–      Astragalus chrysochlorus’da Fenilpropanoid Metabolik Yoluna İlişkin Genomik Analizler (BAP-T-615-17032005) Yürütücü Dr. Neslihan Turgut-Kara

–      Kimyasal Kültürleme Koşullarının Astragalus chrysochlorus Hücre Süspansiyon Kültürleri üzerindeki etkilerinin incelenmesi (T-107/11112002) Yürütücü Dr. Özgür Çakır

–     Astragalus Türlerinde Doku Kültürü Çalışmaları (BAP-T-947/06112000) Yürütücü Dr. Neslihan Turgut-Kara A Comparative Study on Callus Induction, Plant Regeneration and Chromosomal Variations from Different Explants of Barley (Hordeum vulgare).

–     NATO Scientific Affairs Division Science for Stability Programme. Biotechnology-Establishment and Promotion of New Biotechnological Techniques in Turkey. NATO-TU Biotechnology. Subproject 1.2 Grant no.842.

–     Salvia amplexicaulis’in Doku Kültürü ve Doğal Materyallerinin Kimyasal İçeriklerinin Araştırılması. İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü Araştırma Fonu, 1094/010598.

–     Bazı Tıbbi Bitkilerin Biyolojik Aktivitelerinin ve Doku Kültürü Koşullarının Araştırılması” İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü Araştırma Fonu, 1339/280799.

 II.GRUP

Araştırma Konuları 

Arpa (Hordeum vulgare L.)’da  polimorfizm, doku kültürü, gen transferi tekniklerinin geliştirilmesi, Fusarium spp. ‘nin patojenik ve endofit ırklarında varyasyon analizleri yapılmaktadır.   Ek olarak, grup bir araştırma  projesi  kapsamında ülkemizdeki  elit  varyeteleri  ve  yabani  hatları (Hordeum spontaneum L.) içeren germplazmda kuraklık ve tuzluluk stresine dayanıklılık seviyelerini belirlemektedir. Fizyolojik ve morfolojik testlerin yanı sıra, gen anlatımı ve allelik varyasyon (HRM) üzerinde çalışılmaktadır.

 Araştırma Grubu

Doç. Dr. Filiz GÜREL

Araş. Gör. Cüneyt UÇARLI (Doktora öğrencisi)

Elif ÇEPNİ (Doktora öğrencisi)

Feyza TUFAN (Doktora öğrencisi)

Sevilay DİKME (Y. Lisans öğrencisi)

Süleyman ÇAPUTLU (Y. Lisans öğrencisi)

Nazareth POYRAZ (Y. Lisans öğrencisi)

Süheyla MUŞ  (Y. Lisans öğrencisi)

Dr. Qasim SHADİD (Doktora sonrası araştırmacı)

İletişim

Doç. Dr. Filiz GÜREL              : 0212 455 57 00/15472; filiz@istanbul.edu.tr

Projeler

–      Monokotil bitkilerde transformasyon çalışmaları. TÜBİTAK-BAYG Proje No: TBAG-1404 2000-2001: Agrobacterium VirE2 proteininin bitkilerde nukleusa taşınması. İstanbul Üniversitesi Araştırma Fonu Projesi 1370/081299.

–      Transgenik arpa (Hordeum vulgare L.) üretimi amacıyla çeşitli hedef dokuların rejenerasyon etkinliğinin belirlenmesi. BAP 619/15122006.

–      Biyodizel endüstrisi atıksularının fiziksel, kimyasal ve biyolojik yöntemlerle arıtılabilirliğinin incelenmesi TÜBİTAK- ÇAYDAG Proje No: 108Y039 .

–      Arpa (Hordeum vulgare L.) transformant bitkilerinin moleküler analizi.  BAP 4104 (Acil İhtiyaç Projesi) .

–      Türkiye’de doğal olarak yetişen bazı Stachys cretica alttürlerinin sekonder metabolitleri ile antibakteriyel ve anti QS aktiviteleri yönünden araştırılması. BAP 3784 .

–      Yerli arpa genotiplerinde abiyotik stres toleransıyla ilişkili genlerin klonlanması ve fonksiyonel analizleri. BAP 4712 .

–      A Comparative Study on Callus Induction, Plant Regeneration and Chromosomal Variations from Different Explants of Barley (Hordeum vulgare).

–      NATO Scientific Affairs Division Science for Stability Programme. Biotechnology-Establishment and Promotion of New Biotechnological Techniques in Turkey. NATO-TU Biotechnology. Subproject 1.2 Grant no.842.

–      Salvia amplexicaulis’in Doku Kültürü ve Doğal Materyallerinin Kimyasal İçeriklerinin Araştırılması. İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü Araştırma Fonu, 1094/010598.

–      Bazı Tıbbi Bitkilerin Biyolojik Aktivitelerinin ve Doku Kültürü Koşullarının Araştırılması. İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü Araştırma Fonu, 1339/280799.

–       Yerli arpa genotiplerinde abiyotik stres toleransıyla ilişkili genlerin klonlanması ve fonksiyonel analizleri. İÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi BAP No. 4712. (2010-2013) Filiz Gürel (Yürütücü), Y. Doç. Dr. Semian Karaer, Emre Yörük, Cüneyt Uçarlı.

–     Endophytes in Biotechnology and Agriculture, FA COST Action FA1103 (European Cooperation in Science and Technology) Tübitak Proje No. 111O835 (2012-2015).

 III.GRUP

Bitki doku kültürü ve bitki biyoteknolojisi alanında yurdumuzda yetiştirilen ve ticari öneme sahip arpa varyeteleri (Tokak 157/37, Bornova, Kaya vb) ile çalışmalar yapılmaktadır. In vitro arpa bitkilerinin yetiştirilmesi, tuz ve kuraklık etkisinde bırakılan arpa bitkiciklerden protein izolasyonu ve antioksidan enzim aktivite tayini, stres toleransından sorumlu genler ve bu genlerin anlatım profillerinin belirlenmesi bu alanda gerçekleştirilen çalışmalar arasındadır. Çalışmalar Bölüm alt yapısında çeşitli laboratuvarlarda bulunan aşağıdaki cihazlar kullanılarak gerçekleştirilmektedir.

Araştırma Grubu

Doç. Dr. Gülruh ALBAYRAK

MSc. Özlem DİKEN (Doktora öğrencisi)

MSc. Emre YÖRÜK (Doktora öğrencisi)

İletişim

Doç Dr. Gülruh ALBAYRAK:    :  0212 455 57 00/15134; gulruh@istanbul.edu.tr

Laboratuvar olanakları

Laboratuvarımızda temel genomik ve transkriptomik çalışmaları için gerekli altyapı olanakları bulunmaktadır.

–      Distile su cihazı

–      PCR cihazları

–      Çalkalamalı etüv

–      pH metre

–      Yatay ve dikey elektroforez sistemleri ve güç kaynağı

–      Dizileme elektroforezi

–      Hava akımlı steril kabin

–      Sıcaklık ve ışık kontrollü büyütme kabini

–      Masaüstü santrifüj

–      Soğutmalı santrifüj

–      Su banyosu

–      Gerçek zamanlı PCR cihazı

–      Yatay ve dikey jel sistemleri

–      Jel görüntüleme cihazı

–      Spektrofotometre

–      Çeker ocak

–      Ultrasonikatör

–      Diğer temel laboratuvar ekipmanları

Projeler

–      Albayrak G. Tuz ve kuraklık stresi etkisindeki arpa (Hordeum vulgare l.) bitkisinde moleküler analizler, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi, Tez Projesi, Proje No: T-958/06102006, Danışman(06/2006-06/2008)

–      Albayrak G. Tuz ve kuraklık stresi etkisindeki arpa (Hordeum vulgare L.) bitkisinde toleranstan sorumlu transkripsiyon faktörlerinin nicel analizi, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi, YADOP, Proje No: 6932/10022010, Proje Yürütücüsü (02/2010-11/2011)

–      Yörük E. Transgenik arpa (Hordeum vulgare L.) üretimi amacıyla çeşitli hedef dokuların rejenerasyon etkinliğinin belirlenmesi, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi, Normal Kapsamlı Proje, Proje No: 619/15122006, Yardımcı Araştırmacı (12/2006-04/2009)

Proteomik laboratuvarı, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nde 2010 yılında, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenen 4120 no.lu  proje kapsamında kurulmuş, TÜBİTAK projeleriyle desteklenmiş sofistike cihazları ve alt yapı yatırımlarıyla birçok bilimsel araştırma, lisansüstü eğitim ve tez çalışmalarında kullanılan bir analiz laboratuvarıdır.

Proteomik laboratuvarının kuruluş amacı, moleküler biyolojinin önemli bir kısmını oluşturan protein çalışmalarında uluslararası standartlarda sofistike cihazlar ve yeni yöntemler kullanarak, nitelikli ve kapsamlı bilimsel araştırmalar yapmak ve bu alanda söz sahibi olmak, ayrıca çok sayıda lisansüstü öğrenci yetiştirerek hem üniversitemize hem de ülkemize bu alanda çalışabilecek yetkin araştırmacılar kazandırmaktır.

Araştırma Konuları

Bu laboratuarda çeşitli biyolojik kaynaklardan (insan, hayvan, bitki ve mikroorganizma) elde edilen materyallerde proteom analizi yapılmaktadır. Stres proteinleri ve oksidatif protein hasarları proteomik tekniklerle belirlenmektedir. Çeşitli enzimlerin aktiviteleri ölçülmekte, polipeptidlerin elektroforetik ve kromatografik ayırımı gerçekleştirilmektedir.

Laboratuvar Olanakları

–      pH metre (Inolab)

–      Isıtıcılı Manyetik Karıştırıcı (Heidolph)

–      Terazi (Precisa)

–      Hassas Terazi (Adam)

–      İzoelektrik Odaklama Cihazı (Protean IEF Cell, Bio-Rad)

–      Soğutmalı Santrifüj (Sigma 3-30K)

–      Western Blot Sistemi (Semi-Dry Blotter, Bio-RAD)

–      Tüp karıştırıcı (Velp Scientifica)

–      Dikey Elektroforez Sistemleri (Bio-Rad, ATTO)

–      Ultrasonik Su Banyosu (Wise Clean)

–      Tube Roller (Vural Medikal)

–      Plate Shaker (Heidolph Unimax 1010)

–      Molecular Imager ChemiDoc XRS System (Bio-Rad)

–      Spektrofluorometre (Biotek FLX-800)

–      Jel Görüntüleme Sistemi (GS-800 Calibrated Densitometry, Bio-Rad)

–      Protein Saflaştırma Cihazı (Profinia, Bio-Rad)

–      Jel Kurutma Sistemi (Clever Scientific)

–      Otomatik Elektroforez Sistemi (Experion, Bio-Rad)

–      Derin dondurucu

–      Buzdolabı

–      HPLC (Schimadzu)

–      Qubit Spektrofluorometre (Invitrogen)

Araştırma Grubu

• Prof.Dr. Nazlı ARDA
• Doç. Dr. Ali KARAGÖZ
• Araş.Gör.Dr. Evren ÖNAY UÇAR
• Araş.Gör.Dr. Murat PEKMEZ
• Zelal Adıgüzel (Doktora öğrencisi)
• Ömer Kaçar (Doktora öğrencisi)
• Vildan Yıldız (Doktora öğrencisi)
• Farinaz Jafari Ghods (Doktora öğrencisi)
• Umut Büyük (Doktora öğrencisi)
• Zeynep Oktay (Doktora öğrencisi)
• Demirhan Çetereisi (Yüksek lisans öğrencisi)
• Şahin Taş (Yüksek lisans öğrencisi)
• Osman Ünal (Yüksek lisans öğrencisi)

İletişim

Prof. Dr. Nazlı ARDA                           : 0212 455 57 00/15212, 15113; narda@istanbul.edu.tr

Araş.Gör.Dr. Evren ÖNAY UÇAR       : 0212 455 57 00 / 15117; evrenonay@istanbul.edu.tr

Projeler

BAP Projeleri

“Hücre Kültürlerinde Oksidatif Stres Sonucu Oluşan Protein Karbonillerinin Fluorometrik ve Elektroforetik Analizi” (Proje No: 268/23082004, tamamlandı, Yürütücü: Prof. Dr. Nazlı ARDA) 

“Hücre Kültüründe Oksidatif Stres Sonucu Oluşan DNA Hasarı/Onarımı Üzerine Viscum album Ekstresinin Etkileri” (Proje No: 1462, tamamlandı, Yürütücü: Yard. Doç.Dr. Ali KARAGÖZ) 

“İstanbul Park, Bahçe ve Korularındaki Bazı Ağaç Polenlerinin Alerjenitesinin ve İmmunohistokimyasal Özelliklerinin Araştırılması” (Proje No: 3063, Devam ediyor, Yürütücü: Prof.Dr. Suna Büyüköztürk) 

“Oksidatif Protein Hasarlarının Belirlenmesinde ve Antioksidan Aktivite Tayininde Proteomik Yaklaşım” (Proje No: 4120, tamamlandı, Yürütücü: Prof. Dr. Nazlı ARDA) 

“Sanicula europaea Ekstresinin Hücre Kültüründe Oksidatif Stres Sonucu Oluşan Hasarların Onarımı Üzerine Etkileri“ (Proje No: 22649, devam ediyor, Yürütücü: Dr. Evren ÖNAY UÇAR) 

“Glukotoksisite, Lipotoksisite ve Glukolipotoksisite Durumlarında Pankreatik Kök Hücreler, Asinar Hücreler ve Pankreatik Kanal Hücrelerinin Beta Hücrelerine Farklılaşma Mekanizmalarının Araştırılması“ (Proje No: 25275, devam ediyor, Yürütücü: Prof.Dr.Şehnaz BOLKENT) 

“Schizosaccharomyces pombe’de hücre içi fosforilasyonun gösterilmesi“ (Proje No: 20423, devam ediyor,  Yürütücü: Yard.Doç.Dr.Bedia Palabıyık) 

TÜBİTAK Projeleri

“Süt Serumu Proteinlerinin ve Hidrolizatlarının Antioksidan, Antiviral ve Antimikrobiyal  Aktivitelerinin Belirlenmesi ve Yapısal Özelliklerinin Aydınlatılması” (Proje no: 104S507 (SBAG-2972), tamamlandı, Yürütücü: Prof.Dr.Süha YALÇIN) 

“Aerobik Granül Çamur Yapısı ve Stabilitesinin İncelenmesi” (Proje No:107Y137, tamamlandı, Yürütücü: Yard.Doç.Dr Gülsüm YILMAZ) 

“Türkiye’de Yetişen Bazı Endemik Cephalaria Türlerinin Kimyasal İçeriklerinin Belirlenmesi, Ekstrelerin ve Tanımlanacak Bileşiklerin Antioksidan ve Antimikrobiyal Aktivtelerinin Araştırılması” (Proje no: 107T028, 2006-2010, Yürütücü: Prof.Dr.Süheyla KIRMIZIGÜL) 

“Sıçan C6 Glioma Hücrelerinde KoenzimQ10 ve Beta-Karoten Uygulamalarının HSP27 Anlatımı Üzerine Etkisinin İncelenmesi” (TÜBİTAK Öğrenci Projesi, tamamlandı) 

“KoenzimQ10 ve Beta-Karoten Uygulanan C6 Sıçan Glioma Hücre Hattında HSP70 Isı Şoku Proteinin Proteomik Analizi ” (TÜBİTAK Öğrenci Projesi, tamamlandı) 

Doktora Tez Projeleri

“Oksidatif Stres Uygulanmış Schizosaccharomyces pombe’de Protein Oksidasyonuna Karşı Antioksidanların Koruyucu Etkisi”, İsmail HAMAD (tamamlandı)

“Viscum album Ekstresinin C6 Sıçan Glioma Hücrelerinde Stres Proteinlerinin Anlatımı Üzerine Etkisi”, Evren ÖNAY UÇAR (tamamlandı) 

“Hücre Kültüründe Oksidatif Stres Sonucu Oluşan DNA Hasarları ve Zeytinyağının Koruyucu Etkisi”,  Özlem EROL (tamamlandı) 

“Glioma Hücrelerinde İndometasinin Meydana Getirdiği Moleküler Hasarlar Üzerine E Vitamininin Etkileri”, Murat PEKMEZ (tamamlandı)

“İnsan Torasik Aortik Anevrizmalarında Oksidatif Stresle İlişkili Gen Anlatımlarının İncelenmesi”, Zelal ADIGÜZEL (devam ediyor)

Yüksek Lisans Tez Projeleri

“E Vitaminin Sıçan C6 Glioma Hücreleri Üzerindeki Apoptoz İndükleyici Etkisi”, Zeynep OKTAY (tamamlandı) 

“Sarı Pas Enfeksiyonuna Direçli Buğday (Triticum aestivum L.)’da Proteomik Analizler”, Cihan İNAN (tamamlandı) 

“İstanbul’daki Ak Dut (Morus alba L.) ve Mavi Atlas Sediri [Cedrus atlantica (Endl.) Carr. Cv. Glauca] Polenlerinin Allerjenik Proteinleri”, Demirhan ÇETEREİSİ, (devam ediyor)

“İstanbul’daki Akdeniz Servisi (Cupressus sempervirens L.) ve Sabin Ardıcı (Juniperus sabina L.) Polenlerinin Allerjenik Proteinleri”, Şahin Taş (devam ediyor)

Araştırma Konuları

Bu laboratuvarda,ilaç aktif maddelerinin hedef ve aktivitelerinin belirlenmesinde, ağır metal metabolizmasıyla ilişkili hastalıklar,yaşlanma ve kanser araştırmalarında model organizma olarak kullanılanSchizosaccharomyces pombe ırkı kullanılmaktadır.

Ayrıca bu organizmada glukoz baskılanması ve oksidatif stres yanıtı metabolizmaları aydınlatılmaya çalışılmaktadır. Ökaryotik bir model organizma olan Schizosaccharomyces pombe mayasında glukozun algılanması, hücre içine taşınması, sinyal iletimi ve stres yanıt yolaklarının araştırılması bir taraftan, hem global düzeyde transkriptom analizi ile hem de GZ-PZR tekniği kullanılarak hedef genlerin ekpresyon analizleriyle, diğer taraftan da biyokimyasal tekniklerin kullanımıyla gerçekleştirmmektedir. Bu çalışmaların yanısıra, laboratuvarımızda oksidatif stres ve ısı şokuna karşı depo karbonhidratlarının sentez ve yıkım hızları araştırılmasının yanında, aynı koşullarda, tiamin metabolizması ile ilgili genlerin transkripsiyon analizi de yapılmaktadır. Ayrıca, glukoz algılamada rol oynayan genin ve glukozun hücre içine alınmasında rol oynayan genlerin yapısal ve transkripsiyon düzeylerinde analizleri gerçekleştirilmektedir.

Laborutavar Olanakları

–     Ökaryotik hücre sayım cihazı

–     Hücre parçalama aletleri

–     Jel görüntüleme sistemleri

–     Çalkalamalı etüvler

–     UV ile sterilizasyonu sağlanan çalışma kabini

Araştırma Grubu

• Yard. Doç. Dr.Semian KARAER UZUNER
• Yard. Doç. Dr.Bedia PALABIYIK
• Araş. Gör. Dr. Çağatay TARHAN
• Araş. Gör. Merve YILMAZER
• Medet TAN (Yüksek lisans öğrencisi)
• Ümit Yaşar KINA (Yüksek lisans öğrencisi)
• Ahmet AKÇAY (Yüksek lisans öğrencisi)
• Uğur Emre ACAR (Yüksek lisans öğrencisi)

İletişim

Yard. Doç. Dr.Semian KARAER UZUNER                              : 0212 455 57 00/15108; semka@istanbul.edu.tr

Yard. Doç. Dr.Bedia PALABIYIK                             : 0212 455 57 00/15467; bediag@istanbul.edu.tr

Projeler

–     Mayada süperoksit dismutaz enzimine özgü çinko taşıyıcı proteinlerin araştırılması

–     Schizosaccharomyces pombe‘de hücresel yaşlanma üzerine çalışmalar

–     Glukoz Metabolizması ile Oksidatif Stres Yanıtı İlişkisinin Schizosaccharomyces pombe‘nin Glukoz Baskılamasına Dirençli İnvertaz Mutantlarında Araştırılması, İ.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Yürütücü Sekreterliği.

–     Schizosaccharomyces pombe İnvertaz Mutantlarında Glukoz Sinyali İle Oksidatif Stres Arasındaki İlişkinin Genom Boyutunda Araştırılması,  İ.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Yürütücü Sekreterliği.

Schizosaccharomyces pombe’de Glukoz Baskılaması ve Stres Yanıt Yolaklarının Araştırılması, TÜBİTAK-TBAG, Proje No: 211T178.

İstanbul Üniversitesi’nin insan sağlığı ve çevre bakımından son derece önemli olan ve yasal düzenlemelerle zorunlu kılınmış GDO’lara ilişkin analiz çalışmalarında yer alması hem zengin bilimsel alt yapısı ve akademik gücü hem de topluma hizmet anlayışı nedeniyle kaçınılmazdır.

GDO laboratuvarı, İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Moleküler Biyoloji Bölümü’nde 2008 yılında genetiği değiştirilmiş organizmalardan bitkilerle çalışmak ve GDO tanısı yapmak üzere Prof. Dr. Şule ARI tarafından kurulmuştur. Laboratuvarda, moleküler biyoloji, genetik mühendisliği, bitki biyoteknolojisi yöntemlerinin uygulanması konusunda yetkin araştırıcılar tarafından halen marketlerde satılmakta olan çeşitli gıdalarda DNA düzeyinde GDO analizleri ve tanısı başarıyla gerçekleştirmektedir. Laboratuvarın akreditasyon sürecinin tamamlanmasıyla üniversitemiz gıda güvenliği alanında kamuya hizmet verebilir hale gelecektir.

Laboratuvarda işlenmiş (bitkisel unlar, bisküvi, cips, sos, salça, çerez, bebek mamaları vb.) ve işlenmemiş (tohum, meyve, gövde, kök, yaprak vb.) gıda maddeleri ve yemlerde GDO analizleri, geleneksel ve gerçek zamanlı PCR yöntemleri kullanılarak DNA düzeyinde

• Yabancı gen taraması
• Yabancı genin miktar tayini
• Yabancı genin tiplendirilmesi

biçiminde yapılmaktadır.

 1-    Laboratuvar olanakları:

Laboratuvarın moleküler tanı yöntemlerinden DNA düzeyinde uygulamaların yapılabilmesi için gerekli olan donanımı (deiyonize saf su cihazı, PCR cihazı, jel sistemleri, santrifüjler vb.) İstanbul Üniversitesi Araştırma Fonu tarafından destekli araştırma (Proje No:624/260407) ve lisansüstü tez projelerinden (Proje No: 10728, Proje No: 19510) sağlanmıştır.

2-    Çalışma grubu:

• Prof. Dr. Şule ARI
• Araş Gör. Dr. Neslihan TURGUT KARA
• Araş. Gör. Özgür ÇAKIR

3-    Projeler, faaliyetler, yayınlar:

Laboratuvar olanakları kullanılarak 3 yüksek lisans, 2 bitirme projesi tezi yapılmıştır.

“Türkiye’deki İşlenmiş Soya Ürünlerinde Kalitatif ve Kantitatif GDO Tanısı ve Transgen Analizi”, Yüksek Lisans Tezi, Danışman Prof. Dr. Şule ARI

Münevver Merve Yılmaz (2012)

“Mısır İçeren Gıda ve Yem Çeşitlerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma (GDO)’larla İlgili Genetik Analizler” Yüksek Lisans Tezi, Danışman Prof. Dr. Şule ARI

Sinan Meriç (2012)

“Mısır Kökenli Gıdalarda Yabancı Gen Taranması” Yüksek Lisans Tezi, Danışman Prof. Dr. Şule ARI

Didem   Öztürk (2011)

“Marketlerden Alınmış Soya Ürünlerinden DNA İzolasyonunun Optimizasyonu ve PZR ile GDO Tanısı”, Danışman Prof. Dr. Şule ARI

Gözde Yaşayan, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Bitirme Projesi, 2008

“Marketlerden Alınmış Soya Ürünlerinden DNA İzolasyonunun Optimizasyonu ve PZR Uygulaması ile Genetiği Değiştirilmiş Organizma Tanısı” Danışman Prof. Dr. Şule ARI

Funda Akıncıoğlu, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Bitirme Projesi, 2008

Faaliyet:

GDO Laboratuvarı çalışma grubunun İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü Biyoteknoloji ve Genetik Mühendisliği Uygulama ve Araştırma Merkezi (BİYOGEM) ve Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü ile ortaklaşa “GDO Tanısı 2012 Sempozyum ve Uygulamalı Kurs” u 12-15 Haziran 2012 tarihlerinde düzenlemiştir.

Sempozyuma ülkenin dört bir yanındaki üniversiteler, araştırma merkezleri ile ağırlıklı olarak gıda analiz laboratuarları olmak üzere özel ve kamu kuruluşlarından 120 kadar kişi ile öğrenciler katıldı.

Sempozyumda BİYOGEM Müdürü Prof. Dr. Şule Arı “Genetiği Değiştirilmiş Organizmalar”, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Öğretim Üyesi Prof. Dr. Nermin Gözükırmızı “Türkiye’de Transgenik Bitki Teknolojisinin Gelişimi”, BİYOGEM Müdür Yardımcısı Doç. Dr. Filiz Gürel “GDO Üretiminin Küresel Boyutu”, Biyogüvenlik Kurulu Başkanı Prof. Dr. Hakan Yardımcı “Biyogüvenlik Kanunu ve AR-GE Uygulamaları”, TÜBİTAK MAM Genetik Mühendisliği ve Biyoteknoloji Enstitüsü Araştırıcısı Doç. Dr. Tijen Talas Oğraş “Transgenik Bitkiler ve Risk Analizi”, Gıda Güvenliği Derneği Başkanı Dr. Samim Saner “GDO’lar ve Gıda Güvenliği”, BİYOGEM Yönetim Kurulu Üyesi Prof. Dr. Sema Birler “Transgenik Hayvanlar ve Klonlama Teknolojisi”, Ekim AŞ. Üretim Müdürü Uzm. Haluk Camcı “GDO Tanısında Akredite Yöntemler” başlıklı konuşmalarını yaptılar.  Katılımcıların GDO konusunda alanında en yetkin ağızlardan en güncel bilgileri alma fırsatı buldukları Sempozyum, üç gün süresince Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü laboratuarlarında verilen uygulamalı GDO tanısı kursu ile devam etti.

Genetiği değiştirilmiş organizmaların, küresel üretimlerinin, ülkemizde ve dünyadaki yasal düzenlemelerin masaya yatırıldığı sempozyumda, biyogüvenlik yasa tasarısı, transgenik hayvanlar, bitki biyoteknolojisinin ülkemizdeki gelişimi ve durumu ile gıda güvenliği konuları ele alındı ve tartışıldı.

Sempozyumdan çıkan önemli sonuçlar ve yankıları:

BİYOGEM ev sahipliğinde ilki gerçekleştirilen biyogüvenlik ve gıda güvenliği kavramlarının akademik ortamlarda tartışılmasının ve “GDO Tanısı 2012 Sempozyumu” nun GDO  ile ilgili gerçeklerin akademik çalışmalar kaynak alınarak ve objektif olarak kamuoyuna  aktarılmasına aracı olmasının  önemi.

GDO ne canavar ne de gittikçe artan nüfusun gıda sorununu çözebilecek bir mucize olarak tanımlanabilir. GDO üretimi büyüyen biyoteknoloji sektörünün bir sonucudur ve AR-GE istatistiklerine göre dengeli olarak gelişmektedir.
• GDO’lar sadece tarım ürünleri  değil, bakteri, virüs, maya ve hayvanlar olabilir ve her birinde üretim yapılacak şekilde tasarlanabilirler.
• Türkiye’deki GDO’ların durumu 26 Eylül 2010’da yürürlüğe giren “Biyogüvenlik kanunu” ile düzenlenmiştir. GDO ve ürünlerinin Biyogüvenlik Kurulu’ndan onay alınmaksızın piyasaya sürülmesi yasaktır. Kurul kararlarını kamu ile paylaşmaktadır (http://www.tbbdm.gov.tr/Home.aspx). Bugüne kadar aralarında 3 soya, 17 mısır, 6 pamuk, 3 kolza,  1 şeker Pancarı,   1 patates ve 2 mikroorganizma olmak üzere toplam 32 çeşide onay verilmiştir (Bu sayılar güncellenebilir). Buna göre halkın sıklıkla tükettiği meyve ve sebzeler GDO ürünleri değildir, ancak hazır gıdalar ve katkı maddeleri (Soya yağı, tokoferol, lesitin, emilsüferler, süt, sos vs.) GDO’lar dan köken alabilir. Bunun başlıca nedeni endüstriyel bitkiler olan mısır ve soya’da biyoteknolojik ıslah yöntemlerinin artışıdır. Kısmen büyük ve küçükbaş hayvan yemlerinde GDO’lu mısır tüketimi söz konusudur. Türkiye’deki bugüne kadar besin zincirinde GDO takibi populasyon düzeyinde bir çalışma ele alınarak yapılmamıştır.
• Pek tartışılmayan ancak bir o kadar önemli olan bir konuda çevresel risklerdir. Çevresel risk,  GDO’lu tohum trafiğini “denetleyebilme”’den sonraki en önemli konudur.

13-15 Haziran 2012 tarihlerinde gerçekleştirilen tanı kursunda ise GDO kökenli gıdaların teşhisinde kullanılan en son moleküler yöntemler katılımcılara uygulamalı olarak gösterilmiş ve kurs sonunda İ.Ü. BİYOGEM tarafından sertifika verilmiştir.

Çalışma grubunun GDO’lara ilişkin yayınlanmış makale, poster, kitap çevrisi, kurs kitabı, röportaj vb. yayınları:

Ş. Arı, K. Bayroviç, F. Gürel and N. Gözükırmızı (1995). Determination of Transgenic Plants Using Polymerase Chain Reaction. Tr. J. of Biology. 19: 331-335.
• Neslihan Turgut-Kara  ve Sule Ari (2010) The optimization of voltage parameter for tissue electroporation in somatic embryos of Astragalus chrysochlorus (Leguminosae). African Journal of Biotechnology 9(29): 4584-4588.
• F. Gürel, E. Arican, N. Gözükirmizi and Ş. Ari (2011). Recent molecular tools for detecting transgenic events in genetically modified (GM) crop products. Scientific Research and Essays 6(24): 5091-5099.
• S. Ari, O. Çakir (2008). Detection of genetically modified soy in processed foods sold commercially in Turkey. by PCR-based method. Book of Abstract, 1st Global conference on GMO Analysis.s: 55. 1st Global conference on GMO Analysis, 24-27 June, 2008, Villa Erba, Como, İtalya.
• GDO Tanısı 2012: Uygulamalı Kurs Kitabı (2012). Şule Arı, Editör. Düzenleyen Kuruluş: Biyoteknoloji ve Genetik Mühendisliği Araştırma ve Uygulama Merkezi (BİYOGEM), İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Biyoteknoloji ve Genetik Mühendisliği Araştırma ve Uygulama Merkezi (BİYOGEM)13-15 Haziran 2012.

Bitki Biyoteknolojisi ve Genetik: İlkeler, Teknikler ve Uygulamalar (2012). Çeviri Editörleri: Hüseyin Avni Öktem, Meral Yücel, 2012. Bölüm 8. Transgenik Bitkilerle İlgili Genler ve Özellikler. Ş. Arı, D. Gürle, 193-216. Nobel AKADEMİK Yayıncılık ve Eğitim Danışmanlık Tic. Ltd. Şti.ISBN: 978-605-133-182-9.

Plant Biotechnology and Genetics. Principles, Techniques and Applications. Ed. C. Neal Stewart, Jr. John Wiley and Sons Inc. 2008.

Ş. Arı. Düşman bildiğimiz dost GDO’lar. 6 Haziran 2011, Reform gazetesi röportajı.

Ş. Arı (2012). İ.Ü. BİYOGEM’den GDO Sempozyumu, İstanbul Üniversitesi Haber Ajansı, 27 Şubat 2012 yayını.

Ş.Arı (2013). CevapTV.com de GDO video yayını.

AR-GE Birimleri

Moleküler Patoloji Laboratuvar Fen Fakültesi G Blok 111 no’lu oda

Öğretim Üyeleri

Prof.Dr. Gülruh Albayrak

Öğretim Üyesi Dr. Terje Marken Steinum

AR-GE Personeli

Öğretim Görevlisi Dr. Elif Çepni Yüzbaşıoğlu

Araş. Gör. Gülin İnci Varol

Bölüm/Fakülte/Üniversite İçi İşbirlikleri

Su Bilimleri Fakültesi, Su Ürünleri Yetiştiriciliği ve Hastalıkları Bölümü, Su Ürünleri Hastalıkları Anabilim Dalı

Ulusal İşbirlikleri

İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı

On Dokuz Mayıs Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Bitki Koruma Bölümü

Uluslararası İşbirlikleri

Turku Üniversitesi, Biyokimya ve Gıda Kimyası Bölümü (Finlandiya)

Isfahan Teknoloji Üniversitesi, Ziraat Fakültesi (İran)

Punjab Üniversitesi (Pakistan)

Çalışma Ekibi

Uzman Aylin Gazdağlı (Doktora Öğrencisi)

Uzman Tuğba Teker (Doktora Öğrencisi)

Uzman Mebruke Saba Akpir Ulusoy (Doktora Öğrencisi)

Uzman Inji Shikhaliyeva (Doktora Öğrencisi)

Büşra Nur Çetin (Yüksek Lisans Öğrencisi)

Mehmet Arslan (Yüksek Lisans Öğrencisi)

Çağatay Yetim (Yüksek Lisans Öğrencisi)

Özlem Sefer (Yüksek Lisans Öğrencisi)

Serhat Yağmur Ofluoğlu (Yüksek Lisans Öğrencisi)

Syeda Anum Khalid (Değişim Öğrencisi)

Araştırma Alanları

Araştırma alanı 1 (Moleküler Mikoloji)

• Bitki patojeni mantarlarda genotipleme, kemotipleme, sekonder metabolit üretimi, doğal bitkisel yağların antifungal etkilerinin araştırılması, mikrobiyal transformasyon ve gen susturma çalışmaları

Araştırma alanı 2 (Moleküler Bakteriyoloji)

• Balıklarda hastalık etmeni olan bakterilerin virulans mekanizmalarının karakterizasyonuna yönelik çalışmalar
• İnsanlarda hastalıktan sorumlu olan bakterilerin virulansının inhibisyonuna yönelik araştırmalar

Araştırma alanı 3 (Moleküler Biyoloji)

• Mikotoksinlerin kök hücreler üzerindeki etkilerinin araştırılması

Uygulanan Teknikler

Temel moleküler biyoloji ve temel mikrobiyoloji teknikleri; rekombinant DNA teknolojisi, polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve gerçek zamanlı PZR ile çoğaltım, katyonik polimer aracılı ve vektör aracılı quelling, jel elektroforezi, MİC ve MBK belirlenmesi, antibiyogram (disk difüzyon aracılı), API aracılı biyokimyasal tanı, canlılık testleri vb. 

Laboratuvar Altyapısı

Sınıf II biyogüvenlik kabini

Sıcaklık ve ışık kontrollü büyütme kabini

PZR cihazı

Çalkamalı inkübatör

Masaüstü santrifüj

Jel elektroforez sistemleri

Su banyosu

Işık mikroskobu

Floresan mikroskobu (Ortak kullanım)

Gerçek zamanlı PZR cihazı (Ortak kullanım)

Elektroporasyon cihazı  (Ortak kullanım)

Jel görüntüleme sistemi  (Ortak kullanım)

İnkübatör  (Ortak kullanım)

Soğutmalı santrifüj  (Ortak kullanım)

Çeker ocak  (Ortak kullanım)

Spektrofotometre  (Ortak kullanım)

Ultrasonikatör  (Ortak kullanım)

 Araştırma Projelerinden Örnekler

• Fusarium Türlerinin Genotiplendirilmesinde Kullanılabilecek Yeni Genik Mikrosatellit Markırlarının Geliştirilmesine Yönelik Çalışmalar (İ.Ü. BAP- 2014 tamamlandı)
• Fusarium graminearum İzolatlarının CAPS Markırlarıyla Genotiplendirmesi (İ.Ü. BAP- 2014)
• Fusarium Türlerinde Trikotesen Üretiminin Durdurulması (İ.Ü. BAP- 2014)
• Fusarium graminearum izolatlarının mitokondriyal DNA varyasyon analizi (İ.Ü. BAP- 2015)
• Fusarium culmorum İzolatlarının CAPS Markırlarıyla Genotiplendirmesi (İ.Ü. BAP- 2016)
• Fusarium graminearum’da Retrotranspozon temelli moleküler markır taraması (İ.Ü. BAP- 2016)
• Mikotoksin Üretme Potansiyelinin Fusarium Türlerinde PZR Analizi ile Belirlenmesi (İ.Ü. BAP- 2017)
• Fusarium graminearum ve Fusarium culmorum izolatlarının ISSR markır temelli genetik tiplendirmesi (İ.Ü. BAP- 2017)
• Fusarium Türlerinde Miselyum Renklenmesinin Moleküler Analizi (TÜBİTAK 3001- 2018)
• Nikita ve Sukkula Retrotranspozonlarının Fusarium Türlerinde İncelenmesi (İ.Ü. BAP- 2017 devam ediyor)
• Lactococcus garvieae’de virulans genlerinin moleküler karakterizasyonu” (İ.Ü. BAP- 2017) 
• T. maritimum izolatlarının Filogenetik ve Enzimatik Özelliklerinin Araştırılması (İ.Ü. BAP- 2016 devam ediyor)
• Marmara Denizinde Yaşayan Bazı Oktakoral Türlerinin Bakteriyal Mikrobiyotasının Belirlenmesi (TÜBİTAK- 2017 devam ediyor).

Güncel Yüksek Lisans ve Doktora Tez Başlıklarından Örnekler

Yüksek Lisans Tez Başlıkları

• Lactococcus garvieae'de Virulans Genlerinin Moleküler Karakterizasyonu
• 3ADON Kemotipindeki Fusarium İzolatlarının Hedefli Genotip Analizi

Doktora Tez Başlığı

• Fusarium Türlerinde Miselyum Renklenmesinin Moleküler Analizi

Mikotoksinlerin Mezenkimal Kök Hücrelerinin Sağkalımı ve Bölünmesi Üzerindeki Etkilerinin Transkriptomik Düzeyde Taranması

Yayınlardan Örnekler

Yörük E., Albayrak G., “siRNA quelling of tri4 and tri5 genes related to deoxynivalenol synthesis in Fusarium graminearum and F. culmorum”, Journal of Environmental Biology,  http://doi.org/10.22438/jeb/, basımda, 2019

Teker T., Albayrak G., Akayli T., Urku C., “Detection of Haemolysin Genes as Genetic Determinants of Virulence in Lactococcus garvieae”, Turk. J. Fish.& Aquat. Sci. http://doi.org/10.4194/1303-2712-v19_7_09, 19(7), basımda, 2019

Gazdağlı A., Sefer Ö., Yörük E., Varol G.İ., Teker T., Albayrak G., “Investigation of Camphor Effects on Fusarium graminearum and F. culmorum at Different Molecular Levels”, Pathogens, 7, 90: 1-11, 2018

Yörük E.,Gazdağlı A., ALBAYRAK G., “Effects of Growth Conditions on tri4 Gene Expression in Fusarium culmorum”, Journal of Agricultural Faculty of Gaziosmanpasa University, 34 (2): 91-97, 2017

Albayrak G., Yörük E., Gazdağlı A., Sharifnabi B., "Genetic Diversity Among Fusarium graminearum And F. culmorum Isolates Based on ISSR Markers", Archives of Biological Sciences, vol.68, pp.333-343, 2016

Yörük E., Albayrak G., "Geneticin (G418) resistance and electroporation-mediated transformation of Fusarium graminearum and F. culmorum", BIOTECHNOLOGY & BIOTECHNOLOGICAL EQUIPMENT, vol.29, pp.268-273, 2015

Yörük, E., Karlik, E., Gazdagli, A., Kayis, M., Kaya, F., & Albayrak, G. “PKS13, FG08079. 1 and PKS10 gene expression analysis in Fusarium graminearum and Fusarium culmorum by real time PCR.”, Iranian Journal of Biotechnology, 13(2), 53-57, 2015

Yörük E., Gazdağlı A., Albayrak G., "Class B Trichothecene Chemotyping In Fusarium Species By PCR Assay", GENETIKA-BELGRADE, vol.46, pp.661-669, 2014

Albayrak G., Yörük E., "Genetic Characterization of Fusarium graminearum and F. culmorum Isolates From Turkey By Using Random-Amplified Polymorphic DNA", Genetıcs And Molecular Research, no.2, pp.1360-1372, 2013

Yörük, E., and Albayrak, G., Chemotyping of Fusarium graminearum and F. culmorum isolates from Turkey by PCR assay. Mycopathologia, 173(1), 53-61, 2012

Olsen AB, Gulla S., Steinum TM, Colquhoun DJ, Nilsen HK and Duchaud E. (2017) Multilocus sequence analysis reveals extensive genetic variety within Tenacibaculum spp. associated with ulcers in sea-farmed fish in Norway. Veterinary Microbiology; Volume 205, pp. 39-45.

Steinum TM, Karataş S, Tandstad Martinussen N, Meirelles PM, Thompson FL and Colquhoun DJ (2016) Multi-Locus Sequence Analysis of the close relatives Vibrio anguillarum and Vibrio ordalii Appl. Environ. Microbiol. 82(18) pp. 5496-5504.

Turgay E, Steinum TM, Gul AG and Karatas S (2015) An outbreak of scuticociliatosis in cultured common dentex (Dentex dentex) in Turkey. Bull. Eur. Ass. Fish Pathol., 35(3) pp. 104-109.

Mitchell SO, Steinum TM, Toenshoff ER, Kvellestad A, Falk K, Horn M and Colquhoun DJ (2013) ‘Candidatus Branchiomonas cysticola’ is a common agent of epitheliocysts in seawater farmed Atlantic salmon (Salmo salar) in Norway and Ireland. Dis Aquat Organ. 103(1): pp. 35-43.

Hizmetler

Patojen bakteri tür tanısı, 2018

Çalışmalara Ait Görsel Örnekleri

Şekil Fusarium graminearum ve F. culmorum  izolatlarının in vitro üretimi

Şekil F. graminearum türüne ait misel, spor ve protoplast yapıları

Şekil Fusarium izolatlarının alem düzeyindeki tanıları

Şekil Fusarium izolatlarında RAPD yöntemi ile genotiplendirme

Şekil Fusarium izolatlarında PZR temelli 

​

Şekil Bakteriyel tanı

Şekil Lactococcus garvieae'de antibiyotik duyarlılığının belirlenmesi

Şekil Pseudomonos aeruginosa’nın UV ışık altında biyofloresansı

​

​